Świadoma decyzja wyboru właściwego protokołu odczytu poczty jest bardzo ważna ze względu na ich odmienną charakterystykę i działanie przystosowane do dwu różnych modeli pracy.
Protokół POP3 (Post Office Protocol 3) jest przeznaczony do pracy "offline", standardowo na jednym urządzeniu. Po połączeniu z serwerem cała nieprzeczytana korespondencja wraz z załącznikami transmitowana jest ze skrzynki pocztowej na serwerze do foldera na komputerze lokalnym. Następnie odebrane listy zostają oznaczone jako odczytane i - w zależności od ustawień - pozostawione lub (domyślnie) kasowane z serwera.
Po zakończeniu tych operacji, czytanie listów i przygotowywanie odpowiedzi może być przeprowadzone lokalnie bez konieczności utrzymywania połączenia z Internetem. Kolejne połączenie wymagane jest tylko w celu wysłania zredagowanych odpowiedzi i ewentualnego sprawdzenia obecności nowych listów.
Niestety, protokół POP3 ze względu na swą prostotę ma też znaczące wady, na przykład nie jest łatwe obsługiwanie skrzynki pocztowej z wielu urządzeń. Jeśli bowiem, zgodnie z domyślnymi ustawieniami, odczytana poczta jest kasowana z serwera, to wówczas na każdym z komputerów znajdować się będzie tylko część korespondencji, a listy odczytane na jednym z nich nie będą widoczne na drugim.
Kolejna wada ujawnia się w przypadku otrzymania bardzo dużego listu, nie można go bowiem usunąć bez uprzedniego przetransmitowania na komputer lokalny, a to może trwać bardzo długo. W tej sytuacji nie pomoże nawet przerwanie połączenia, ponieważ po jego wznowieniu proces transmisji zacznie się od początku. Wówczas niezbędne może okazać się skorzystanie z poczty przez WWW lub nawet kontakt z administratorem.
Protokół IMAP (Internet Message Access Protocol) działa w zdecydowanie odmienny sposób. Cała poczta przechowywana jest na serwerze w skrzynce pocztowej. Po połączeniu z serwerem na komputer lokalny transmitowane są jedynie same nagłówki wiadomości. Transmisja treści oraz załączników następuje dopiero po otwarciu danego listu, dzięki czemu możliwe jest kasowanie i filtrowanie korespondencji bez jej pobierania z serwera.
Ten sposób obsługi poczty doskonale sprawdza się w przypadku pracy na wielu komputerach, na każdym z nich widzimy bowiem tą samą zawartość skrzynki.
Wadą protokołu IMAP jest natomiast konieczność utrzymywania stałego połączenia z Internetem podczas obsługi poczty.
Podsumowując, jeśli korzystasz tylko z jednego komputera, dobrym wyborem będzie korzystanie z protokołu POP3. Jeśli natomiast posiadasz stały dostęp do Internetu i dostępu do całej swojej poczty potrzebujesz z kilku urządzeń (np. komputer i smartfon), to należy wybrać protokół IMAP.